خلاصه پاسخ به نقد هایی که بر عقلانی بودن برهان نظم وارد شده این است که : استاد مطهری با ارائه تقریری دقیق از برهان نظم بر دو نکته تاکید ورزیده اند:(الف) برهان نظم برهانی عقلی است نه تجربی (ب) برهان نظم را باید در ارتباط با علت غایی توجیه و تفسیر کرد و این در حالی است که گذشتگان برهان نظم را با ارجاع به علت فاعلی توجیه و معنا می کردند. چنانکه شهید مطهری نیز به نفی چنین رویکردی در تقریر برهان نظم نپرداخته اند امّا چنین تقریری را کافی ندانسته بلکه از راه علت غایی وارد شده اند و به تحلیل برهان بر چنین پایه و اساسی پرداخته اند تا پژوهش و پردازش نوین با کارکردهای خاصی را دنبال کرده و به شبهات و اشکالات وارده بر برهان نظم نیز پاسخ دهند. چه اینکه غیر از نظم مادی ساختمان یک موجود زنده، به یک نوع رهبری در یک دستگاه وجودی که اورا به سوی هدف خودش هدایت می کند نیز قائل اند و نظم غاتیمندانه و هدفدار را مطرح ساخته اند و البته از رابطه حکمت الاهی و برهان نظم نیز غفلت نورزیده اند. برهان نظم از راه تشبیه یا تمثیل نیست بلکه ترکیبی از تجربه و تعقل است و از حیث ماهوی برهانی عقلی است نه تجربی و تجربه برهان نظم از نوع تجربه شئی است با علت غائی اش و نه علت فاعلی اش. برهان نظم بر نظم که از حیث مفهومی جزء معقولات ثانیه فلسفی است و بنابر برخی دیدگاهها، فطری و بدیهی است استوار گشته است تا نسبت و ترابط نظم و ناظم و منظوم ادراک و دریافت گردد. لذا بر عقلانیت و بداهت استوار است تا تشبیه و تمثیل ٬اگر هم کاربردی در آن دارد ماهیت برهان نظم را تغییر نداده و وجود مقدمه حسی و تجربی آنرا تجربی نمی نماید، علاوه اینکه بنابر آراء برخی متفکران اسلامی برهان نظم، برهان شبه لمّ است که نیاز به تحقیق و تدقیق بیشتر داشته و طرفداران تجربی بودن برهان نظم را وارد یک چالش جدید معرفتی از حیث ارزش شناختی برهان نظم می نماید.
