پس از رحلت رسول اکرم‌صلی الله علیه وآله، یاران و اصحاب آن حضرت به جمع آوری آیات قرآن اقدام کردند. حضرت علی‌علیه السلام - که از همه یاران پیامبرصلی الله علیه وآله به مواقع تنزیل و تأویل قرآن آگاه‌تر بود - پیش از همه به این کار اقدام کرد و آیات قرآن را با ویژگی‌های خاصی که خواهد آمد، در یک جا و کنار هم قرار داد و به مردم عرضه کرد؛ لکن به دلایلی مورد استقبال و پذیرش دستگاه رسمی خلافت واقع نشد. امام علی‌علیه السلام آن را به خانه بر گرداند و بنا بر روایتی فرمود: از این پس هرگز آن را نخواهید دید. آن مصحف پس از امام‌علیه السلام، نزد فرزندان و امامان معصوم‌علیهم السلام باقی ماند. گفتنی است قرآن‌ها یا نسخه‌هایی از قرآن - که منسوب به امام علی بن ابی‌طالب است و در بعضی از موزه‌ها و کتابخانه‌ها موجود است - نمی‌تواند از نظر تاریخی و شواهد و قراین، متعلق به آن حضرت باشد.
ویژگی‌های مصحف حضرت علی‌علیه السلام مصحف امام علی‌علیه السلام، نسبت به دیگر مصحف‌ها، از امتیازات فراوانی برخوردار بود؛ از جمله:
1. براساس ترتیب نزول، تنظیم شده بود.سیوطی، الاتقان، ج 1، ص 183، نوع 18.
2. قرائت مصحف آن حضرت، مطابق با قرائت پیامبرصلی الله علیه وآله بود و اختلاف قرائت در آن راه نداشت.
3. مشتمل بر اسباب و مکان نزول آیات و نام اشخاصی بود که آیات در شأن آنان نازل گشته بود.
4. جوانب کلی و تأویل آیات - به گونه‌ای که آیه، محدود و مخصوص به زمان یا مکان یا شخص خاصی تلقی نگردد - در این مصحف روشن شده بود.ر.ک: الف. جوان آراسته، حسین، درسنامه علوم قرآن، ص 163؛ ب. فصلنامه بینات، ش 28، ص 184؛ پ. رامیار، محمود، تاریخ قرآن، ص 365.
بنابراین مصحف امام علی علیه السلام، قرآن دیگری یا مشتمل بر آیاتی غیر از آنچه در قرآن‌های موجود است، نیست. تفاوت عمده آن در ترتیب و اشتمال بر توضیحات و اطلاعات جانبی (مانند شأن نزول و...) است که در فهم قرآن، تأثیر به سزایی دارد. چنان که خود آن حضرت فرمود: (لقد جئتهم بالکتاب مشتملاً علی التنزیل والتأویل)؛ بلاغی، محمدجواد، آلاء الرحمان، (طبع نجف)، ج 1، ص 257.؛ (من قرآن را همراه با توضیحات مربوط به نزول و تأویل آن عرضه کردم). و نیز فرمود: (آیه‌ای بر پیامبرصلی الله علیه وآله نازل نشد، مگر آنکه بر من خوانده و املا فرمود و من آن را با خط خود نوشتم و نیز تفسیر و تأویل و ناسخ و منسوخ و محکم و متشابه هر آیه را به من آموخت و مرا دعا فرمود تا خداوند فهم و حفظ آن را به من مرحمت فرماید. از آن روز تا به حال، هیچ آیه‌ای را فراموش نکرده و هیچ دانش و شناختی را که پیامبرصلی الله علیه وآله وسلم به من آموخته و من آن را نوشته‌ام، از دست نداده‌ام)تفسیر برهان، ج 1، ص 16، شماره 14 ؛ (ق) معرفت، محمد هادی، تاریخ قرآن، ص 86..
