ولی فقیه همیشه در ظاهر حاکم جامعه نیست. ولی شئون ولایت فقیه، شئون حکومتی است. یعنی ممکن است ولی فقیه، بدون اینکه حاکم جامعه باشد (در ظاهر) موفق به انجام بعضی از وظایف حکومتی خود بشود.
میرزای شیرازی ظاهرا حاکم جامعه نبود، اما دستوری ولایتی صادر کرد که طبق آن در جامعه تنباکو تحریم شد و اثرات سیاسی خود را ایجاد کرد.
فتوای جهاد با روس ها در زمان قاجاز از طرف علمایی بود که حاکم رسمی جامعه نبودند، اما این امر ولایتی، مربوط به حکومت بود.
پس جایگاه اصلی ولی فقیه، حاکمیت جامعه است. و اگر این امر محقق نشود، او باید در حد ممکن و توان، وظایف حکومتی خود را انجام دهد. و طبیعتا در صورتی که حمایت لازم مردمی از او نباشد، ولی فقیه توانایی انجام بسیاری از وظایف خود را نخواهد داشت.
همانگونه که بعد از پیامبر (صلی الله علیه و آله) حق ولایت و حاکمیت برای امیرالمومنین (ع) بود و مردم باید در امور حکومتی دستور ایشان را اطاعت می کردند، اما به دلایلی این حق غصب شد و حاکمیت بر مردم در ظاهر برای عده دیگری شد. در اینجا مردم حق نداشتند دستورات حکومتی خلفای غاصب را اطاعت کنند و تنها دستورات ولی حقیقی برای آنها معتبر بود. و در این حال کسانی که شیعه بودند، می توانستند به اذن حاکم واقعی به انجام خدماتی در حاکمیت بپردازند و یا اموری که مصلحت برتر در انجام آن است را انجام دهند.
