آیا می توان گفت که علما به حکومت و پادشاهان صفویه مشروعیت دادند و یا این که (آنها هم مثل مأمون که امام رضا(ع) با او همکاری کرد از روی مصلحت بودند) و صفویان هم طاغوت بودند؟
حکومت صفویه هم از نظر زمانی و هم از نظر پادشاهان دارای مراحل و کارکردها و موضوعات مختلفی بود که قضاوت دقیق وموردی، نیازمند بررسی شرایط، نوع عملکرد هر یک از پادشاهان این حکومت و نحوه تعامل علماء و بالاخره میزان و محدوده همکاری علماء هر یک از این پادشاهان می باشد. اگر به صورت کلی بخواهیم به بررسی این موضوع بپردازیم باید گفت: پادشاهان صفویه خطوط اعتقاد شیعی داشتند، مخصوصا شاه اسماعیل موسس این سلسله به مذهب تشیع معتقد بود و کوشیدند نه تنها در دیدگاه های تاریخی، عقاید و بینش شیعه ملاحظه شود بلکه در فقه حکومت داری نیز فقه شیعه مبنا قرار گیرد، لذا برای دستیابی به این هدف عالمان و فقیهان شیعه مورد نیاز بود. (صفویه از ظهور تا زوال، رسول جعفریان، موسسه فرهنگی دانش و اندیشه معاصر، چاپ اول، زمستان 1378، ص 47)
شاه طمهاسب نیز سخت معتقد به تشیع فقاهتی بود، لذا روند نفوذ فقها در زمان طولانی سلطنت او بسیار سرعت گرفت. (همان، ص 376 و 375) و نوعی تقسیم بندی قدرت شده بود امور عرضی اداره کشور در اختیار سلطان و امور شرعی در اختیار مجتهد بود.
بین روحانیت و دستگاه سلطنت رابطه متقابل بوده است و روحانیت در صدد کنترل دستگاه سلطنت جهت رعایت حدود مذهبی و اصول سیاسی اسلامی بوده است. دستگاه سلطنت نیز برای پیشبرد اهداف سیاسی خود به علما نیاز جدی داشت. (پایان نامه، نقش روحانیت در دوره صفویه، ضابط پور، دانشگاه باقرالعلوم)
شاه طهماسب محقق کرکی را به عنوان شیخ الاسلامی منصوب کرد و در فرمانی به او نوشت:
(شما به پادشاهی مستحق ترید، چون شما نایب امامیه و من فقط یکی از عاملان شمایم که اوامر شما را اجرا می کنم، افزون بر آن شاه به همگان دستور داد که نواهی و اوامر شیخ را بدون کم و کاست به انجام رسانند). در یک عبارت خلاصه می توان گفت روحانیت در چار چوب آموزه های اصیل اسلامی و مصالح جامعه اسلامی برای حکومت تولید مشروعیت می کرد. (آرای سیاسی فقهای صفویه و قاجاریه، مرتضی شیرودی، نشریه رواق اندیشه) (لوح فشرده پرسمان، اداره مشاوره نهاد رهبری، کد: 4/106192)
