بین نظام ولایی و حکومت اسلامی با نظام و حکومت پادشاهی فرق های اساسی وجود دارد که این فرق ها در چند محور قابل بررسی است: الف. در مشروعیت: مشروعیت نظام های ولایی، مستند به خداوند متعال، است، اما در نظام های پادشاهی، مبنا و مستند مشروعیت، سنن اقوام و نظام های موروثی است. ب. شرایط و نحوه انتخاب: در نظام های ولایی برای انتخاب رهبر و ولی امر شرایط سختی پیش بینی شده است و برای انتخاب آن نیز مکانیزم خاصی (مانند نصب از طرف خداوند؛ درباه معصومان (ع) و انتخاب مصداق از طرف مردم؛ درباره جانشینان معصوم) وجود دارد، بر خلاف نظام های پادشاهی که غالباً هم خونی، ملاک انتخاب پادشاه بعدی است. ج. راه کار عزل: در نظام های ولایی اگر ولی فقیه مرتکب اشتباهی شود که از ادامه رهبری معذور باشد و یا شرایط رهبری را از دست دهد خود به خود از این مقام عزل می شود. در ایران تشخیص فقدان شرایط رهبری، بر عهده مجلس خبرگان است. اما در نظام های پادشاهی چون غالباً با استبداد همراه است کسی از مردم نمی تواند شخص اول ممکلت را بر کنار کند.
