ولی فقیه همانند مرجع تقلید یک مجتهد است. و از جهت جایگاه علمی یکسان می باشند.
اما شان و موقعیت اجتماعی آن دو متفاوت است. هنگامی که یک مجتهد، محل مراجعه برای کسب دستورات دینی قرار می گیرد، به او مرجع تقلید می گویند. و هنگامی که یک مجتهد متولی اداره جامعه می شود، به او ولی فقیه می گویند.
دستورات مرجع تقلید صرفا برای مقلدان او، لازم است. اما دستورات یک ولی فقیه، برای تمام افراد ساکن در آن جامعه لازم است. چونکه جامعه باید وحدت رویه داشته باشد و از هرج و مرج به دور باشد.
البته ممکن است در موردی هیچ دستوری از ولی فقیه وجود نداشته باشد، و گزینه های متعددی برای انتخاب ممکن باشد، و یا اینکه یک ولی فقیه دستوری را بیان کرده ، اما نه از شان ولایت و برای اداره جامعه، بلکه مثلا برای مسائل عبادی ، فتوایی را برای مقلدینش بیان کرده باشد.
اما اگر دستوری را برای اداره جامعه بیان کرده باشد، اطاعت از آن برای همگان و حتی مراجع تقلید دیگر نیز لازم است. در حالی که در غیر چنین مسائلی هیچ مرجعی نمی تواند، نظر مرجع دیگر را ملاک عمل خود قرار دهد.
به عنوان نمونه برای تصمیم گیری جهت جنگ، نمی توان چند نوع ضابطه مختلف و متناقض را در جامعه عملی کرد. بلکه همه باید تحت محور واحدی عمل کنند. و شان حاکم نیز یک پارچه کردن جامعه و ایجاد وحدت است.
آیت‌الله جوادی آملی در بخش پاسخ به پرسش‌های کتاب "ولایت فقیه؛ ولایت فقاهت و عدالت " در پاسخ به این پرسش که: "آیا بر فقیهان واجب است که از ولی فقیه تبعیت کنند؟ آیا حق مخالفت و نقض حکم والی را دارند؟ " می‌نویسد: فقیه جامع الشرایط، سه کار رسمی دارد؛ یک کارش "افتاء " است که پس از دادن فتوا، عمل به آن فتوا، بر خودش و بر مقلدانش واجب است، ولی نسبت به فقیهان دیگر اعتباری ندارد؛ زیرا مجتهد حق ندارد از مجتهد دیگر تقلید کند. کار دیگر فقیه جامع الشرایط، "قضاء " است که بر کرسی قضا می‌‌نشیند و بین متخاصمین که هردو طرف شخصیت حقیقی‌‌اند یا شخصیت حقوقی یا آنکه یک طرف حقیقی است و طرف دیگر حقوقی، بر اساس ایمان و بیّنات، حکم الهی را صادر می‌نماید که نقض این حکم، بر خود او و بر متخاصمین و بر هرکس دیگر حتی فقیهان حرام است و عمل به آن نیز واجب است، حتی بر مجتهدان و فقیهان و مراجع تقلید.
وظیفه سوم فقیه جامع الشرایط، "ولایت " امت اسلامی و صدور احکام ولایی است. اگر والی اسلامی حکم ولایی کند به اینکه مثلاً رابطه ایران اسلامی با اسرائیل باید قطع شود، یا رابطه با آمریکا که دشمن اسلام و رأس استکبار جهانی و حامی اسرائیل است، باید قطع شود، یا رابطه با فلان کشورها باید برقرار شود، یا در کشور چنین اموری باید رعایت گردد، عمل به این احکام بر مردم و بر خود والی و بر فقیهان و مجتهدان دیگر واجب است و هیچ‌کس حتی خود والی حق نقض این حکم را ندارد زیرا حاکم اسلامی فقط مجری احکام است و او نیز مانند همگان مشمول قانون الهی و تابع محض آن می‌باشد و دیگر فقیهان نیز چنین می‌باشند و باید از این حکم الهی که توسط والی انشا شده است، پیروی و تبعیت کنند; مگر آنکه در فرض نادر، یقین وجدانی به اشتباه بودن حکم فقیه حاصل شود. البته شک داشتن در درستی حکم فقیه یا گمان داشتن به اشتباه بودنش، نمی‌تواند مجوز عدم پیروی باشد بلکه فقط یقین وجدانی چنین است نه غیر آن.
این مطلب، شامل فقیهانی که به ولایت فقیه معتقد نیستند و مقلدان آنان نیز میشود، زیرا فقیهانی که در ولایت فقیه اختلاف نظر دارند و مثلاً "مقبوله عمربن حنظله " و "مشهوره ابی خدیجه " را برای ولایت فقیه کافی نمی‌‌دانند، از نظر حسبه می‌‌پذیرند که اگر مردم یک کشور حاضر شده‌اند که حکومت را بر اساس اسلام اداره کنند، این یک امر زمین مانده‌‌ای است که بر همگان و خصوصاً بر فقیهان واجب کفایی است که تصدی آن را به‌عهده بگیرند و اگر یک فقیه واجد شرایط رهبری، تصدی آن را به عهده گرفته و امت اسلامی نیز او را قبول دارند، در این حال، مخالفت با احکام این حاکم و تضعیف او جایز نیست و کسی نمی‌تواند بگوید من چون ولایت فقیه را قبول ندارم، می‌‌توانم از هر قانون کشور اسلامی سرپیچی کنم و قوانین و مقررات آن را رعایت نکنم.
